天京事变使人口进一步减少，先是导致两万多将士丧生，后来翼王石达开负气出走又带走不少精锐。这场内讧的影响是全局性的，使太平天国元气大伤，旧的领导中枢宣告解体，军事上日趋被动。1860年太平军二破江南大营、开辟苏福省，使南京转危为安并获得大量物资补充。但后期主政的干王洪仁玕缺乏杨秀清那样的威望和铁腕，甚至一度被排挤出城，领导中枢涣散无力。1862年春，湘军兵临南京城下。太平军苦战两年多，始终无法将之击退。这种颓势从南京自身的演变可略窥一斑。
仍以人口为例。太平军在苏南战场的胜利使南京人口得到一定补充，其中不少是被强娶或掳来的年轻女子，但人口总数与过去已不可同日而语。后期（主要集中在1861年）来访的西方人均感到南京人口很少，其中英国军官吴士礼（G.J.Wolseley）中校推测男多于女，约为2∶1；英国翻译富礼赐（R.J.Forrest）、美国商人赫德（J.Heard）均估计全城人口约为7万人。人口锐减，但由于商业停顿和两极分化加剧，圣库制度形同虚设，缺粮问题并未缓解；及至湘军围城，粮道逐渐被切断，则陷入断粮危机。为应对粮荒，洪秀全率先食野草团，号召军民仿效。忠王李秀成体恤下情，特意放大批民人出城逃生。其实城中一些王府仍藏有大量粮食，但各怀私念，不愿充饷。据忠王讲，城破前夕，城内不过三万人，除居民外，太平军仅万余人，能守城者三四千人。[38]已是强弩之末。