洛克本人似乎很有魄力，他被几个颇有势力的朋友保护，不会受到地方长官的怀疑，但时间不长，他还是无法再逃避“无神论者”的嫌疑了。
这一转折发生在1683年，于是洛克不得不离开英国，前往阿姆斯特丹。此时，斯宾诺莎已经去世五六年了，但荷兰首都的学术气氛依然很自由，洛克有不受官方干涉学习和写作的机会。他很勤奋，在外的4年里写下了赫赫有名的《关于宽容的信》，他因此而成为我们这本小历史书的主角。在信中，他对于国家有权干涉宗教的问题都给予了彻底否定。洛克认为，国家只是个由一批人创立和维持的保护性组织，目的是相互间的利益和安全。他之所以有这种看法，是源于一个叫皮埃尔·贝尔的法国流亡者，当时，这个很有才华的人住在鹿特丹，正在独自编撰百科全书。这么一个组织为什么要发号施令、左右人们的信仰？洛克和他的信徒一直没弄明白。他们应该吃什么喝什么，国家并没有规定，可为什么一定要强迫他们去这个教堂呢？
16世纪因为清教徒主义的不彻底的胜利而成为奇怪的宗教妥协的时代。
所有宗教战争因《威斯特伐利亚和约》而终止。它阐明了一个道理：所有臣民都必须服从统治者的宗教信仰。这样一来，一个公国的臣民会因为今天大公爵是路德教徒而全是路德教徒，到第二天会因为男爵是天主教徒而摇身一变都成为天主教徒。