归清以后，闭关自守。禁烟之役，浸启兵戎，而民间之攘夷者，且与阿片同禁。天津之约，开口通商，西人渐来，新旧教会亦传播。同治元年，有西班牙人至凤山力力社，设天主教堂，以社番为同宗，而勾引之，无赖之徒又为疏附，于是力力、赤山、加匏朗三社入教者二百余人。事闻，凤山知县派员偕下淡水县丞往查，召通事潘永泉、土目潘岐山等，告以此地非通商之埠，外人不得居住，逐之出。而西班牙人乃迁于旗后近附之前金庄。
四年，英国长老教会亦派牧师马雅谷来台。雅谷精刀圭术，以药医人，而传其教，设教堂于府治看西街，从者颇多。仇教者肆为蜚语以排挤之，有司虑祸，照会英领事请移口岸。雅谷乃去之旗后，别设教堂于凤治，聚徒传播，相安无事。已而又派甘为霖、卢加闵来台，为霖赴嘉义，而加闵往彰化。嘉、彰非通商之地，见外人至，众惊讶，每尾其行，加闵乃之岸里大社。岸里在葫芦墩之西，土番郡落也，族大丁多，林爽文之役，效命军前，颇有功。见而款之，献其室为教堂。加闵亦能医，遂设医院，社番多就之。初，为霖在嘉传教，从者少，至店仔口庄，庄豪吴志高嗾人夜袭之。为霖逃，伏丛莽中，数日始归府冶。七年八月，前金庄教堂以讲教故，与村人龃龆，鸣金集众，围而攻之。乡耆恐偾事，趣出止。风声一播，凤治之人亦一呼而集，至者数十，拆屋毁物，杀教徒二，并捕堂丁高长以去。雅谷在旗后，闻警将往，而旗后教堂亦被困，商人乃出解之。始城中儿每遗失，或言洋人潜杀，剖其脑制药。雅谷固业医，县役猫角命人盗童骸埋之室中，计欲以实其事。翌日，知县凌定国往勘，观者如堵，猫角又力言，掘地及室，见白骨，信之，拘长严鞫。不服，下之狱，以状白郡，并照会英领事。领事以为诬，驰禀驻京公使，与总理衙门交涉，各执一辞。乃命兴、泉、永道曾献德偕厦门英领事吉普理渡台会办，谂为猫角所为，定其罪，流于泉州，偿工费千两，并恤死者之家，案始结。当凤山教案之起也，郡中莠民闻之快。越三日，亦毁小东门内天主教堂，神甫走逸民家，有司闻警弹压，众始散。嗣援凤山之例以偿，而民教稍安矣。雅谷既居府治，益尽心传教，设教堂于大东门之内，传授医术，于是西医之名闻遐迩。又以上海翻译西籍，颁之会中。教徒渐知天下大势，或派子弟肄业于福州、香港，攻英文，习西学，以造就人才。然其所学仅为景教之学，尚无益于人群也，教徒之中又多拘囿。台人敬天法祖，礼百神，而肆为抨击。欲举数千年历圣相承之纲纪而悉毁弃，此其所以凿枘也。为霖既居府治，察民情，习汉语，数年乃之埔里社，亦土番部落也。时尚未设厅，备尝险阻，以传其教，故得今日之盛。